Adunarea Generală a Coaliției ONG Natura 2000 România a identificat la începutul anului 2013 necesitatea profesionalizării activității Coaliției și necesitatea unui actor colectiv mai puternic pentru reprezentarea intereselor ariilor naturale protejate și ale membrilor coaliției.

Astfel, a fost creată oficial Federația Coaliția Natura 2000 România ca și entitate cu personalitate juridică menită să continue activitatea coaliției. Cu sediul la Brașov și 15 membrii constituitori, Federația a preluat misiunea Coaliției de a contribui la implementarea rețelei Natura 2000 în România și la managementul ariilor naturale protejate, având totodată și atribuții de watchdog, advocacy și lobby cu privire la legislație și alte activități relevante.